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数学天元基金是为加快数学发展进程，支持数学家提出的中国数学要在21世纪率先赶上世界先进水平的宏伟目标，国家从1989年起拨专款而设立的。数学天元基金得到了中央领导的充分肯定和大力支持，专款由科学基金委员会归口管理，由最初设立的200万元增长到2002年的500万元。数学天元基金和科学基金资助的数学研究经费共同用于对数学的支持，二者密切配合，相辅相成，为中国数学的发展做出了贡献。
数学天元基金由天元基金学术领导小组负责组织实施。数理科学部数学科学处负责日常事务管理。数学天元基金支持的主要内容有四个方面：支持各类讲习班和研究班，加强对优秀青年人才的支持；支持出版和建立、开通计算网络，改善数学家的研究条件；支持必要的数学教育、数学传播和数学史的研究；必要的学术活动。2002年度重点支持了世界数学家大会在中国的召开。
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